Durağan'ın uzun bir geçmişi olup, tarihi yönünden epeyce eskidir.Eski İstanbul, Amasya, Diyarbakır, Trabzon ve Çorum yolları buradan geçerdi.Eski çağlarda bugünkü modern limanlar olmadığından, tabi limanlar gemilere sığınak olurdu.Bu yüzden Sinop'un tabii limanına giden yollar, Durağan-Boyabat üzerinden geçerdi.

Han, uğrak ve durak (dinlenme) yeri olarak kullanılmıştır. Bu durum yıllarca sürmüş, yolcu ve halk dilinde buna hana DURAKHAN denilmiştir.Böylece yeni kasabanın adı, bu hana izafeten DURAKHAN , zaman içinde halk dilinde DURAĞAN şeklini alarak resmi kayıtlara geçmiştir.